Šifra predmeta:
451B2		 Naziv predmeta:
Bioinformatika

Školska godina:

2023/2024.

Uslovi pohađanja:

Nema uslova

ESPB:

4

Vrsta studija:

master akademske studije

Studijski program:

Biohemija: 1. godina, zimski semestar, obavezni, teorijsko-metodološki predmet

Nastavnici:

dr Marija Đ. Gavrović Jankulović
redovni profesor, Hemijski fakultet, Studentski trg 12-16, Beograd

dr Radivoje M. Prodanović
redovni profesor, Hemijski fakultet, Studentski trg 12-16, Beograd

Saradnik:

Milena O. Zlatanova, master biohemičar
istraživač-saradnik, Hemijski fakultet, Studentski trg 12-16, Beograd

Fond časova:

Nedeljno: jedan čas predavanja + tri časa teorijskih vežbi (1+3+0)

Ciljevi:

Upoznati studente sa primenom bioinformatičkih alata i metode za analizu strukture proteina i sekvence gena. Obučavanje studenata za korišćenje kompjuterskih programa i internet servisa koji se koriste u rešavanju problema u biohemiji i biotehnologiji.

Ishod:

Student je osposobljen da primenjuje bioinformatičke alate i metode za analizu strukture proteina i sekvence gena, kao i da ih koristi u rešavanju problema u biohemiji i biotehnologiji.

Oblici nastave:

Predavanja, teorijske vežbe, seminarski radovi.

Vannastavne aktivnosti:

—

Literatura:

Osnovna literatura:

  • Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette: Bioinformatics - A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, John Wiley and Sons, 2001.

Pomoćna literatura:

  1. Current Protocols in Bioinformatics, John Wiley and Sons, 2007.
  2. Arthur M. Lesk: Introducion to Bioinformatics, Oxford University Press, 2002.
  3. Jonathan Pevsner: Bioinformatics and Functional Genomics, John Wiley and Sons, 2003.

Dodatni materijal:

—

  Nastavne obaveze i način ocenjivanja

Predavanja:

10 poena (1 čas nedeljno)

Program rada:

  • Bioinformatika i Internet.
  • NCBI model podataka.
  • Banka podataka sekvenci gena.
  • Banka podataka strukture proteina.
  • Banka podataka mapa gena u genomu.
  • Ekstrakcija informacija iz banki podataka korišćenjem ENTREZ sistema.
  • Pretraživanje banke podataka i poređenje sekvenci.
  • Kreiranje i analiza višestrukog poređenja sekvenci proteina.
  • Predviđanje strukture gena na osnovu sekvence DNK.
  • Predviđanje strukture proteina na osnovu sekvence proteina.
  • Upotreba cDNK sekvenci (EST) za otkrivanje protein kodirajućih DNK sekvenci.
  • Mapa ljudskog genoma.
  • Komparativna analiza genoma.
  • Filogenetska analiza.

Teorijske vežbe:

10 poena (3 časa nedeljno)

Program rada:

  • Pretraživanje informacija na Internetu.
  • NCBI model podataka - primeri.
  • Pretraživanje sekvenci gena - primeri.
  • Pretraživanje sekvenci proteina - primeri.
  • Praktična upotreba internet resursa za mapiranje genoma - primeri.
  • Postavljanje pitanja ENTREZ sistemu - primeri.
  • Upotreba FASTA programa za poređenje sekvenci proteina.
  • Upotreba BLAST programa za poređenje sekvenci proteina.
  • Upotreba CLUSTAL V i PSI-BLAST programa za predviđanje funkcije proteina na osnovu višestrukog poređenja sekvenci proteina.
  • Upotreba pomoćnih programa (ALSKRIPT, AMAS, Jal View) prilikom višestrukog poređenja sekvenci proteina.
  • Pronalaženje protein kodirajućih DNK sekvenci korišćenjem GENESKAN i MZEF programa.
  • Predviđanje fizičko-hemijskih osobina proteina korišćenjem ExPASy sistema (Pi vrednosti, molekulske mase, peptidnih mapa, hidrofobnosti).
  • Predvićanje sekundarne strukture proteina korišćenjem programa PREDATOR, SOPMA, PSIPRED i COILS.
  • Filogenetska analiza korišćenjem programskog paketa PHILIP i internet servisa PhiloBLAST.
  • Upotreba kompjuterskih programa (Vector NTI) u dizajnu PCR prajmera, restrikcionoj analizi i kloniranju DNK.

Seminarski radovi:

20 poena

Pismeni ispit:

60 poena