Šifra predmeta:
451B1		 Naziv predmeta:
Bioinformatika

Školska godina:

2019/2020.

Uslovi pohađanja:

Nema uslova

ESPB:

4

Vrsta studija:

master akademske studije

Studijski program:

Biohemija: 1. godina, zimski semestar, obavezni, stručno-aplikativni predmet

Nastavnici:

dr Marija Đ. Gavrović Jankulović
redovni profesor, Hemijski fakultet, Studentski trg 12-16, Beograd

dr Radivoje M. Prodanović
redovni profesor, Hemijski fakultet, Studentski trg 12-16, Beograd

Saradnik:

Zorana D. Lopandić, master biohemičar

Fond časova:

Nedeljno: jedan čas predavanja + tri časa teorijskih vežbi (1+3+0)

Ciljevi:

Upoznati studente sa primenom kompjuterskih i analitičkih metoda za analizu strukture proteina i sekvence gena. Obučavanje studenata za korišćenje kompjuterskih programa i internet servisa koji se koriste u rešavanju problema u biohemiji i biotehnologiji.

Ishod:

Student je osposobljen da primenjuje kompjuterske i analitičke metode za analizu strukture proteina i sekvence gena, kao i da ih koristi u rešavanju problema u biohemiji i biotehnologiji.

Oblici nastave:

Predavanja, teorijske vežbe, seminarski radovi.

Vannastavne aktivnosti:

—

Literatura:

Osnovna literatura:

  • Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette: Bioinformatics - A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, John Wiley and Sons (2001)

Pomoćna literatura:

  1. Current Protocols in Bioinformatics, John Wiley and Sons (2007)
  2. Arthur M. Lesk: Introducion to Bioinformatics, Oxford University Press (2002)
  3. Jonathan Pevsner: Bioinformatics and Functional Genomics, John Wiley and Sons (2003)

Dodatni materijal:

—

  Nastavne obaveze i način ocenjivanja

Predavanja:

10 poena (1 čas nedeljno)

Program rada:

  1. Bioinformatika i internet
  2. NCBI model podataka
  3. Banka podataka sekvenci gena
  4. Banka podataka strukture proteina
  5. Banka podataka mapa gena u genomu
  6. Ekstrakcija informacija iz banki podataka korišćenjem ENTREZ sistema
  7. Pretraživanje banke podataka i poređenje sekvenci
  8. Kreiranje i analiza višestrukog poređenja sekvenci proteina
  9. Predviđanje strukture gena na osnovu sekvence DNK
  10. Predviđanje strukture proteina na osnovu sekvence proteina
  11. Upotreba cDNK sekvenci (EST) za otkrivanje protein kodirajućih DNK sekvenci
  12. Mapa ljudskog genoma
  13. Komparativna analiza genoma
  14. Filogenetska analiza
  15. Korišćenje PERL-a u bioinformatici

Teorijske vežbe:

10 poena (3 časa nedeljno)

Program rada:

  1. Pretraživanje informacija na internetu
  2. NCBI model podataka - primeri
  3. Pretraživanje sekvenci gena - primeri
  4. Pretraživanje sekvenci proteina - primeri
  5. Praktična upotreba internet resursa za mapiranje genoma - primeri
  6. Postavljanje pitanja ENTREZ sistemu - primeri
  7. Upotreba FASTA programa za poređenje sekvenci proteina
  8. Upotreba BLAST programa za poređenje sekvenci proteina
  9. Upotreba KLUSTAL V i PSI-BLAST programa za predviđanje funkcije proteina na osnovu višestrukog poređenja sekvenci proteina
  10. Upotreba pomoćnih programa (ALSKRIPT, AMAS, Jal Viev) prilikom višestrukog poređenja sekvenci proteina
  11. Pronalaženje protein kodirajućih DNK sekvenci korišćenjem GENESKAN i MZEF programa
  12. Predviđanje fizičko-hemijskih osobina proteina korišćenjem EKSPAZI sistema (Pi vrednosti, molekulske mase, peptidnih mapa, hidrofobnosti)
  13. Predvićanje sekundarne strukture proteina korišćenjem programa PREDATOR, SOPMA, PSIPRED i KOILS.
  14. Filogenetska analiza korišćenjem programskog paketa PHILIP i internet servisa PhiloBLAST.
  15. Upotreba kompjuterskih programa (Vektor NTI) u dizajnu PCR prajmera, restrikcionoj analizi i kloniranju DNK.

Seminarski radovi:

20 poena

Pismeni ispit:

60 poena