Школска година: |
2012/2013. |
Услови похађања: |
Нема услова. |
ЕСПБ: |
4 |
Врста студија: |
мастер академске студије |
Студијски програм: |
Биохемија: 1. година, зимски семестар, обавезни, стручно-апликативни предмет |
Наставници: |
др Марија Ђ. Гавровић Јанкуловић
редовни професор, Хемијски факултет, Студентски трг 12-16, Београд
др Радивоје М. Продановић
редовни професор, Хемијски факултет, Студентски трг 12-16, Београд |
Сарадници: |
— |
Фонд часова: |
Недељно: два часа предавања + два часа теоријских вежби (2+2+0) |
Циљеви: |
Упознати студенте са применом компјутерских и аналитичких метода за анализу структуре протеина и секвенце гена. Обучавање студената за коришћење компјутерских програма и интернет сервиса који се користе у решавању проблема у биохемији и биотехнологији. |
Исход: |
Студент је оспособљен да примењује компјутерске и аналитичке методе за анализу структуре протеина и секвенце гена, као и да их користи у решавању проблема у биохемији и биотехнологији. |
Облици наставе: |
Предавања, теоријске вежбе, семинарски радови. |
Ваннаставне активности: |
— |
Литература: |
Основна литература:
- Andreas D. Baxevanis, B.F. Francis Ouellette, Bioinformatics A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, John Wiley and Sons (2001)
Помоћна литература:
- Current Protocols in Bioinformatics, John Wiley and Sons (2007)
- Arthur M. Lesk, Introducion to Bioinformatics, Oxford University Press (2002)
- Jonathan Pevsner, Bioinformatics and Functional Genomics, John Wiley and Sons (2003)
|
Додатни материјал: |
— |
Наставне обавезе и начин оцењивања |
Предавања: |
20 поена (2 часа недељно)
Програм рада:
- Биоинформатика и интернет
- НЦБИ модел података
- Банка података секвенци гена
- Банка података структуре протеина
- Банка података мапа гена у геному
- Екстракција информација из банки података коришћењем ЕНТРЕЗ система
- Претраживање банке података и поређење секвенци
- Креирање и анализа вишеструког поређења секвенци протеина
- Предвиђање структуре гена на основу секвенце ДНК
- Предвиђање структуре протеина на основу секвенце протеина
- Употреба цДНК секвенци (ЕСТ) за откривање протеин кодирајућих ДНК секвенци
- Мапа људског генома
- Компаративна анализа генома
- Филогенетска анализа
- Коришћење ПЕРЛ-а у биоинформатици
|
Теоријске вежбе: |
20 поена (2 часа недељно)
Програм рада:
- Претраживање информација на интернету
- НЦБИ модел података - примери
- Претраживање секвенци гена - примери
- Претраживање секвенци протеина - примери
- Практична употреба интернет ресурса за мапирање генома - примери
- Постављање питања ЕНТРЕЗ систему - примери
- Употреба ФАСТА програма за поређење секвенци протеина
- Употреба БЛАСТ програма за поређење секвенци протеина
- Употреба КЛУСТАЛ В и ПСИ-БЛАСТ програма за предвиђање функције протеина на основу вишеструког поређења секвенци протеина
- Употреба помоћних програма (АЛСКРИПТ, АМАС, Јал Виев) приликом вишеструког поређења секвенци протеина
- Проналажење протеин кодирајућих ДНК секвенци коришћењем ГЕНЕСКАН и МЗЕФ програма
- Предвиђање физичко-хемијских особина протеина коришћењем ЕКСПАЗИ система (Пи вредности, молекулске масе, пептидних мапа, хидрофобности)
- Предвићање секундарне структуре протеина коришћењем програма ПРЕДАТОР, СОПМА, ПСИПРЕД и КОИЛС.
- Филогенетска анализа коришћењем програмског пакета ПХИЛИП и интернет сервиса ПхилоБЛАСТ.
- Употреба компјутерских програма (Вектор НТИ) у дизајну ПЦР прајмера, рестрикционој анализи и клонирању ДНК.
|
Семинарски радови: |
20 поена |
Писмени испит: |
40 поена |