Шифра предмета:
2452B		 Назив предмета:
Савремене биохемијске методе

Школска година:

2012/2013.

Услови похађања:

Нема услова.

ЕСПБ:

8

Врста студија:

мастер академске студије

Студијски програм:

Биохемија: 1. година, зимски семестар, обавезни, стручно-апликативни предмет

Наставник:

др Тања Д. Ћирковић Величковић
редовни професор, Хемијски факултет, Студентски трг 12-16, Београд

Сарадник:

др Јелена З. Радосављевић
доцент, Хемијски факултет, Студентски трг 12-16, Београд

Фонд часова:

Недељно: четири часа предавања + три часа лабораторијских вежби (4+0+3)

Циљеви:

Циљеви курса Методе у биохемији 2 је да студенти стекну знања о савременим методама које се примењују у рекомбинантној производњи и карактеризацији протеина као и испитивању структуре и биолошке функције биомолекула. Студенти ће кроз експериментални рад да овладају техникама и методама рекомбинантне производње протеина, и њихове структурне односно функционалне карактеризације.

Исход:

Студент је овладао савременим биохемијским техникама које се односе на протеин инжењеринг и испитивање структуре и функције биомолекула.

Облици наставе:

Предавања,експерименталне вежбе, туторијал, уз обавезну презентацију својих резултата у форми научног рада. Јавна одбрана, уз коришћење модерних помагала (ППТ формат).

Ваннаставне активности:

Припрема пројекта који ће студент практично урадити на вежбама, уз преглед научне литературе за дати протеин односно протеинску фамилију.

Литература:

Основна литература:

  1. Principles of Gene Manipulation, S. Primrose, R. Twyman, R. Old.

Помоћна литература:

  1. Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology. Wilson K and Walker J.

Додатни материјал:

—

  Наставне обавезе и начин оцењивања

Предавања:

10 поена (4 часа недељно)

Програм рада:

Вежбе су конципиране да студент добије пројекат који треба да реализује кроз експериментални рад примењујући знања стечена на курсу Методе у биохемији 1.

  1. Увод у основе рекомбинантне технологије.
  2. Дизајнирање протеина. Диригована еволуција протеина. Рационални дизајн протеина.
  3. ПЦР. РТ ПЦР. Квантитативни ПЦР.
  4. Припрема цДНА библиотека.
  5. Хетеролога производња протеина у прокариотском систему.
  6. Хетеролога производња протеина и еукариотским системима: биљке.
  7. Хетеролога производња протеина и еукариотским системима: квасци.
  8. Савремене технике у структурној и функционалној карактеризацији протеина: примарне, секундарне, терцијарне, кватернарне структуре.
  9. Основи гликобиологије. Посттранслационе модификације протеина.
  10. Протеомикс. Геномикс. Метаболомикс. ДНK micro array.

Лабораторијске вежбе:

15 поена (3 часа недељно)

Програм рада:

  1. Дизајн прајмера за ПЦР. Изоловање геномске, и тоталне РНК из полазног материјала. Одређивање концентрације РНК, сДНК, дсДНК. Умножавање гена полимераза ланчаном реакцијом. Анализа производа добијеног полимераза ланчаном реакцијом агарозном електрофорезом.
  2. Умножавање експресионог вектора у Е. коли, изоловање и обрада рестрикционим ендонуклеазама. Изоловање линеаризованог вектора из агарозног гела након електрофорезе, одређивање концентрације. Лигација ПЦР производа у експресиони вектор.
  3. Трансформација Е. коли. Селекција позитивних клонова помоћу полимераза ланчане реакције. Изоловање плазмида, сечење рестрикционим ендонуклеазама, и електрофоретска анализа.
  4. Оптимизација услова експресије рекомбинантног протеина. Провера позитивних клонова СДС ПАА електрофорезом и имуноблотом.
  5. Оптимизација протокола изоловања рекомбинантног протеина употребом афинитетног матрикса и класичних хроматографских метода. Увијање протеина на колони и у раствору. Провера степена пречишћавања СДС ПАА елактрофорезом.
  6. Структурна и функционална карактеризација рекомбинантног протеина.

Колоквијуми:

25 поена

Усмени испит:

40 поена

Туторијал:

10 поена (1 час недељно)