Циљ предмета:

Разумевање основних физичко-хемијских принципа који дефинишу структуру и конформације сложених полиатомскх молекула, разумевање могућности примене, предности и ограничења савремених метода молекулске механике, и сазнавање како се молекулска механика интегрише у остале напредне методе компјутерског моделирања материје (QM/MM i MD).

Исход предмета:

Разумевање основних физичко-хемијских принципа који дефинишу структуру и конформације сложених полиатомскх молекула, разумевање могућности примене, предности и ограничења савремених метода молекулске механике, и сазнавање како се молекулска механика интегрише у остале напредне методе компјутерског моделирања материје (QM/MM i MD).

Садржај предмета:

Теоријска настава

• Увод: преглед неопходних стреохемијских појмова, принципа и дефиниција.
• Аналитичка геометрија молекула.
• Површина потенцијалне енергије.
• Молекулско поље сила: функционални облици и параметри.
• Равнотежне структуре и њихово истраживање.
• Анализа молекулских вибрација.
• Термодинамичке функције.
• Механика молекулских кристала.
• Примери примене у конформационој анализи органских молекула, координационих једињења, и биомакромолекула.
• Хибридне квантно-механичке (QМ) и молекулско-механичке (ММ) методе.

Литература:

• A. K. Rappé, C. J. Casewit: Molecular Mechanics across Chemistry; University Science Books; 1997.
• C. J. Cramer: Essentials of Computational Chemistry - Theories and Models; Wiley; 2002.
• K. J. Rasmussen: Potential Energy Functions in Conformational Analysis; Springer; 1985.

Помоћна литература

Оригинални научни радови, прикази и монографије из конформационе анализе. За допуну знања из стереохемије такође:

• Kurt Mislow: Introduction to Stereochemistry
• Michael North: Principles and Applications of Stereochemistry
• D. Masipuri: Stereochemistry of Organic Compounds

Методе извођења наставе:

Предавања, теоријске/рачунске вежбе, семинари.